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總分支機構分屬不同營業人，於營業稅申報時應確實查對申報之資料與內容是否正確及有無疏漏，以免遭罰
其各項進、銷項憑證，即不能參雜使用，如有涉及違章情事，應以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為違章主體論罰。
國稅局指出，轄內甲分支機構於申報營業人銷售額與稅額申報書時，誤將總機構之進項憑證申報扣抵銷項稅額，
致虛報進項稅額，經國稅局查獲，核定補徵營業稅額並處罰鍰。甲分支機構不服，主張其在法律上與總機構具有同一法人人格，
所誤報進項是總機構進項，並非虛設行號也非他人之進項，並無逃漏之故意，且錯誤亦屬合理範圍，
並無構成行政罰之過失要件，應符合稅務違章案件減免處罰標準第15條第2項第2款「登錄錯誤」免罰規定等語，
申經復查及提起訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經臺北高等行政法院判決駁回確定在案。
國稅局進一步解釋，甲分支機構與總機構係採分別申報銷售額、應納或溢付營業稅額，
核屬各別獨立之營業稅納稅主體，此與公司法所定之一公司僅有一人格者，尚有不同，
因其尚未經財政部核准與其總公司合併總繳營業稅，並不能因係屬總分支機構即可參雜使用進、
銷項憑證，且與減免處罰標準第15條第2項第2款所定對自身得持以申報營業稅之進項憑證登錄錯誤之情形，
性質迥異，則甲分支機構將總機構之進項憑證，申報扣抵銷項稅額，已構成虛報進項稅額之事實，
尚不得以其總機構該年度當期累積留抵稅額，抵充其漏繳之營業稅，其當期營業稅申報及繳納作業，即會發生應納稅額之差距，自應受罰。
國稅局特別提醒，總分支機構為不同之營業稅納稅主體，於申報時應善盡注意及檢查之義務，
其未申請總繳營業稅款，不得以總機構之統一發票充作自身之進、銷項憑證，對於申報及繳付稅款等資料，
應確認無訛後，始得提出申報，以免因疏失而遭受處罰。
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