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自104年1月1日起，修正營利事業超額分配可扣抵稅額之應補稅額及裁罰基準之計算方式
依所得稅法第66條之6第1項但書規定，我國兩稅合一制由「完全設算扣抵制」修正為「部分設算扣抵制」，
我國境內居住之個人股東獲配之股利淨額或盈餘淨額，其可扣抵稅額為原可扣抵稅額之半數，其餘半數則不得分配扣抵。
因此，營利事業若有同法第114條之2規定超額分配可扣抵稅額情事者，
依財政部104年12月30日台財稅字第10404030450號令規定，
稽徵機關應以股利（或盈餘）淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數與實際分配可扣抵稅額之差額，計算超額分配應補稅額及裁罰基準。
國稅局舉例說明，甲公司於104年5月29日召開股東會並決議分配屬103年度之股利淨額800萬元，
該公司股東均為中華民國境內居住之個人，依據所得稅法第66條之6規定計算適用之稅額扣抵比率為12%，
故可分配予股東之可扣抵稅額為48萬元（800萬元×12%×1/2）。惟該公司因計算錯誤，申報稅額扣抵比率為18%，
致實際分配予股東之可扣抵稅額為72萬元（800萬元×18%×1/2），則計算甲公司超額分配可扣抵稅額應補繳之稅額及裁罰基準為24萬元（72萬元－48萬元）。
國稅局提醒，兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制實施後，
營利事業如有超額分配可扣抵稅額之情形，自動依稅捐稽徵法第48條之1規定，
向稅捐稽徵機關補報並補繳超額分配稅款者，亦應依上開規定計算應補繳稅款，
並得於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶；經核定超額分配應補繳稅額，於實際繳納日亦可計入股東可扣抵稅額帳戶。
營利事業如仍有不明瞭之處，請至國稅局網站（網址為http://www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令，
或利用國稅局免費服務電話0800-000321洽詢，國稅局將竭誠提供詳細之諮詢服務。
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