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獨資或合夥組織對營利事業所得稅核定如有疑義時，應如期申請復查，以免影響個人綜合所得稅之核定
若逾期未提起復查即屬確定，稽徵機關將據以歸課獨資資本主或合夥組織合夥人綜合所得稅。
國稅局舉例說明，甲君101年度綜合所得稅結算申報，
列報取自所營商號營利所得612,000元，經國稅局所轄稽徵所依查得資料核定為1,122,800元，
歸課甲君綜合所得稅。甲君不服，主張原申報行業代號誤植為5610-11，
正確應為5610-14(食堂、麵店、小吃店業)，原查未予詳查逕按行業代號5610-11核定所得，
課予重稅有失公允，申請復查。
惟經國稅局以同一課稅事實之營利事業所得稅經核定後並未於期限內申請復查而告確定；
綜合所得稅部分，原核定營利所得並無不合，駁回其復查申請。
國稅局提醒納稅義務人注意，因綜合所得稅營利所得係源自營利事業所得稅核定之全年所得額，
納稅義務人於接獲營利事業所得稅核定通知書後，應審慎核對，如有疑義，應及時釐清，
方可避免國稅局以營利事業所得稅未提起復查而確定，綜合所得稅部分予以維持原核定之決定，以維護自身權益。
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