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稽徵機關或財政部指定之調查人員已著手進行調查之案件，尚無補稅免罰之適用
「稅捐機關或財政部指定調查人員進行調查之案件」，
係指各稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員已察覺納稅義務人有可疑之違章事實，
並進行調查之案件，而以函查日(即發文日)作為調查基準日，
是類案件無稅捐稽徵法第48條之1補稅免罰規定之適用。
國稅局舉例說明，轄內甲公司106年1月份將作廢統一發票作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，
虛報進項稅額1,200,000元，經稽徵機關查獲，按所漏稅額處罰鍰600,000元，
甲公司主張因其公司帳務人員疏忽致申報錯誤，惟已自行檢核並發現錯誤，
於106年4月18日自動補報繳，且未收到稽徵機關函詢異常情事，應無虛報事實。
但因甲公司申請更正及補繳稅額前，
其他國稅局已於106年3月8日函請原發票開立之營業人提供相關資料備查，
以確認涉嫌違章之事實，依前揭規定，106年3月8日即為調查基準日，
甲公司係於其他國稅局寄發調查函後，始申請更正及補繳稅額，
核無稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳得予免罰之適用。
國稅局進一步說明，依財政部80年8月16日台財稅第801253598號函釋意旨，
稅捐稽徵法第48條之1所稱進行調查基準日之認定，係以函查日(即發文日)為調查基準日。
上開函令未牴觸憲法或法律，有臺北高等行政法院97年訴字第2476號判決可資參照。
國稅局提醒，營利事業於申報各項稅捐後，應再詳實核對有無申報疏漏，
如營利事業有任何問題，可利用免費服務電話0800-000321洽詢，國稅局將竭誠為您服務。
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